Trước đây, Mỹ Thạnh là một xã thuộc thị xã Long Xuyên.

Xã Mỹ Thạnh được thành lập vào ngày 12 tháng 1 năm 1984 trên cơ sở tách các ấp Thới Thạnh, Thới An, Đông Thạnh và 1/2 ấp Long Hưng của xã Mỹ Thới.[4]

Ngày 2 tháng 8 năm 1999, Chính phủ ban hành Nghị định 64/1999/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập phường Mỹ Thạnh trên cơ sở toàn bộ 1.389,82 ha diện tích tự nhiên và 24.881 người của xã Mỹ Thạnh.